Devi togliere nel file css del template la chiamata all'immagine png che c'è adesso, poi devi andare ad editare il file index.php del template, nel div che contiene ora l'immagine devi inserire questo codice:
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0" width="937" height="91">
<param name="width" value="538" />
<param name="height" value="91" />
<param name="src" value="templates/nomedeltemplatecheusi/images/nomefileflash.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<embed type="application/x-shockwave-flash" width="937" height="91" src="templates/nomedeltemplatecheusi/images/nomefileflash.swf" quality="high"></embed>
</object>
Ovviamente inserendo anche i dati corretti per width, height.