sei certo di aver sovrascritto i file? Puoi scrivere passo passo come hai proceduto?
Già che ci sei, come avevi caricato i file di joomla quando lo hai installato per la prima volta?
Se hai usato un client ftp, che client hai usato?
Se è filezilla (che versione?), non ti ha segnalato alcun errore di sovrascittura?
Non sono domande giusto per la curiosità, ma per capire se è un problema dovuto ai permessi.