Dipende da che tipo di file è e dai dati che hai a disposizione. Se hai i dati già in una tabella a parte è molto più comodo altrimenti il primo passo è lavorare sul file che hai a disposizione per inserire tutti i dati in una tabella supplementare. Supponiamo che sia un file di testo dove stanno scritti i dati principale degli utenti (name, username, email, password); se ogni utente occupa una riga diversa ti va ancora bene perchè con un editor di testo tipo notepad++ puoi mettere una serie di caratteri davanti ad ogni riga, tipo XXXXX e poi usare la funzione explode di php per avere un array dove ogni elemento contiene i dati di un utente. Poi ci devi lavorare ancora per separare i dati per ogni riga. Insomma è un po' macchinoso.
Una volta che hai tutti i dati su una tabella supplementare devi scorrerli e fare un insert nella tabella jos_users (ma anche nella tabella jos_user_usergroup_map) osservando bene com'è strutturato il database di Joomla. Se invece non hai a disposizione la password dell'utente potresti crearla usando la funzione PasswordCasuale con una lunghezza che decidi tu. L'importante è registrare le password in chiaro su una tabella supplementare temporanea altrimenti non puoi recuperarle, oppure inviare una email ad ogni insert per fornire la password all'utente.
Queste sono indicazioni di massima, anche il codice per creare le password è generalizzato, poi bisogna vedere ogni singolo caso.