Ciao
Aspetta un pò.. se le pagine non esistono più, google le cancellerà dal suo indice.
Il dato di indicizzazione e aggiornamento - in generale, tutti i dati del webmastertool di google - non è istantaneo ma si aggiorna ogni tot tempo... cosiderazioni a riguardo li puoi fare dopo una due settimane circa.
Vedrai che gli errori scompariranno e le tue pagine indicizzate aumenteranno.