ciao frodo,
dovresti dare float:right al div header in questo modo
#header {template_css.css (riga 23)
background:transparent url(../images/header.jpg) no-repeat scroll left top;
float:right;
height:211px;
width:982px;
}
dopo di che andare nella idnex.php, e creare prima del div header(quello di su), un nuovo div nel quale carici una posizione qualsiasi di joomla, nella quale poi andrai a inserire il tuo modulo ad esempio
<div id="header_box">
<div id="nuovo modulo">
<jdoc:include type="modules" name="user10" style="xhtml" />
</div>
<div id="header">
</div>
</div>
poi dal back end di joomla carichi il tuo modulo in user10. Occhio alle dimensioni del nuovo modulo. Se sono troppo grandi ti farà andare giu il div con il flash. Inoltre nel css del nuovo modulo devi dare anche float:left. Ciau