Certo che se si apre una immagine in un 'altra finestra ovviamente in quella, non essendoci il codice javascript che hai messo nella index.php, non funziona la disabilitazione del mouse.
Devi cercare in pocha qual'è la pagina che si apre con il popup delle immagini e attaccarci là lo script.
Ma torno a ribadire che tutto questo tuo sbattimento non serve a nulla perchè se io andassi dal tuo cliente li mostrerei che:
a) disabilitando gli javascript dal browser il tasto destra funzionerebbe;
b) basta fare uno stamp della schermata, salvare e ritagliare le immagini;
c) andare a prendersi l''immagine nei file temporanei;
d)installare dei semplicissimi plugin che consentono di catturare schermate o porzioni di schermate con disarmante semplicità.
Se dopo tutto questo lui ancora insiste a voler la disabilitazione del tasto destro, allora pazienza