certamente, ma prima di tutto la piattaforma AMP non è un requisito, ma un pacchetto che contiene quello che server per un buon server Linux PHP/MySQL... e server linux significa molto quando si parla di Joomla, visto i problemi che ci sono quando si balla su Windows o mi sbaglio?
cmq il server mette a disposizione un installatore di applicazioni, tra cui Joomla, con il quale installare più CMS sullo stesso sito... ovviamente installa e configura per il primo utilizzo tutto lui per rendere il cms compatibile alla piattaforma (e assicurare il supporto in caso di gravi disguidi tecnici) e questo lo fa sempre in una sottodirectory (per ogni applicazione) rendendo possibile impostarne una come default (cioè senza aggiungere all'indirizzo base del dominio la sottocartella)...
Hai detto bene tu, sono confinato in questa sottocartella e per risolvere tutti questi problemi per non cambiare hoster andando incontro a perdite di tempo e rischi ho fatto quelle modifiche che risolvono in buona parte il problema.