...si ma non ho ancora capito cosa stai facendo
se installi J in una sottocartella, o meglio in una cartella sotto la root per visualizzare il sito hai due modi:
o un htaccess accanto alla cartella che rediriga la request alla index interna la cartella o chiami l'index direttamente dall'url.
Ora, quando entri nella cartella è il configuration.php che comanda e indica a joomla cosa trovare e dove.
Per fare il lavoro che tu dici, più cartelle contenenti joomla che puntano allo stesso db devi installarlo una volta e poi clonare la cartella cambiando nel configuration le path delle directory.
Non capisco a cosa serva questa cosa, visto che in J tutto sta nel db, qualsiasi variazione tu faccia su uno la fai praticamente su tutti.
Tieni anche presente che ogni volta che reinstalli j non crei una nuova tabella, a meno che tu non lo specifichi, ma sovrascrivi la stessa.
Nel caso di più joomla con più db nella stessa tabella bisogna cambiare il prefisso e non fargli cancellare le tabelle esistenti.
boh... ti ho servito un po' tutto vedi tu che mangiare
M.