Benvenuto nel forum di joomla.it Lacruz,
1)in genere il consiglio è di uploadare a manina joomla via FTP, non ci sono controindicazioni, anzi dovrebbe esere l'unica prassi.
Lascia perdere gli installatori automatici che poi, se non sei pratico producono solo problemi.
2)
attivando l'opzione "cartella predefinita"
Qui non capisco, forse è un'opazione dell'hosting?
In ogni caso meglio sempre mettere il sito nella root del tuo spazio.
Ciao!