Non so nella versione 3 ma nella 2 i file custom sono richiamati, se presenti direttamente senza aggiungere codice, nella v2 vanno in plugin/system/helix/css/custom.css, nella 3 mi sembra vadano direttamente nella cartella css del template, sempre senza richiamo ed e possibile aggiungere anche custom1.css, custom2.css ecc.