Aspetta.. allora la validazione w3c come ti ho già spiegato non è un obbligo ma si può definire come un titolo in più sul biglietto da visita, quindi non ti scervellare con una validazione a tutti i costi, sai anzi quanti siti importantissimi non passano la validazione?
Ora veniamo agli errori in fase di validazione: non tutti gli errori sono riconducibili al template anzi... La maggior parte di essi è dovuta soprattutto ai moduli che siccome contengono molto codice javascript potrebbero avere qualche errore nel codice che non ti fa passare la validazione (es. modulo google translate per la traduzione automatica, modulo anti-right click per evitare la copia di testo, etc. sono moduli che se installati e attivati ti danno quel problema). Quindi se il sito ti va bene e i componenti funzionano senza intoppi non preoccuparti se non passa la validazione, l'importante ricordati che i documenti siano almeno del tipo xhtml transational (in testa al codice della pagina <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "
http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">) cosa che con joomla avviene in automatico durante la scrittura del codice sulla index e quindi non hai problemi.
p.s. per esempio se ti può confortare guarda il sito del corriere della sera quanti errori dà in fase di validazione.