facciamo un po di luce su questi misteriosi permessi

per uno script php, 664, è di solito OTTIMO, per una directory l'equivalente è 775.
perchè?
i numeri sopra citati sono espressi in ottale e fanno riferimento a tre triplette di bits che esprimono i permessi, nell'ordine, per proprietario - gruppo - resto del mondo

i permessi sono
r = leggi: valore 4
w = scrivi: valore 2
x = se file esegui, se directory leggi, valore 1
contrariamente a quanto pensano i più un file php deve aver settato il bit execute SOLO per essere eseguito da command line!!
ora, premesso che non sai nè con quale utente gira apache, nè con quale utente gira lo ftp, è che la discussione è puramente accademica, nota che utente e gruppo riportati dal client ftp lasciano il tempo che trovano...
comunque se non puoi sovrascrivere un file tramite ftp, difficilmente potrai cambiarne i permessi, cosa che richiede di essere proprietario del file o root.
è più facile che i permessi possano essere cambiati da php, che solitamente gira con lo stesso utente del webserver e che risulta quindi proprietario dei file appartenenti ai componenti installati da interfaccia di joomla.
joomla! da qualche parte ha (aveva) la selezione dei permessi da applicare ai file creati, controlla questa parte, se no prova a cancellare il vecchio file prima di trasferirlo, ultima spes resta comunque l'helpdesk
ciao,
marco