Scusa, funzione l'ho detta per abitudine, possiamo anche fare spaghetti..
Allora iniziamo da questo..
Cercati la successione di codici che criptano la pass di Joomla
http://forum.joomla.it/index.php?topic=159965.0 qui trovi suggerimenti, e prova a inserire un utente a mano, fai la connessione al db scrivi la query di insert, e provi a loggarti, per capire se la pass è corretta.
A questo punto se tutto funziona prendi il CSV dei tuoi account, lo converti in array
http://php.net/manual/en/function.fgetcsv.phpVerifichi ed aggiungi i dati che mancano e inserisci tutto nel database..
Tra l'altro se ci riesci mi piacerebbe avere il codice se fosse possibile
Ps Sentirai parlare di Salt nell'articolo citato
http://php.net/manual/en/function.crypt.phpqui trovi documentazione ulteriore